Tính đến hết năm 2012, đội tàu của Tổng công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines) bao gồm 143 chiếc, với tổng trọng tải khoảng 3,17 triệu tấn, chiếm khoảng 45% tổng trọng tải đội tàu biển quốc gia.

Tổng công ty Hàng hải Việt Nam hiện có 16 đơn vị kinh doanh vận tải, trong đó có 02 chi nhánh của Vinalines tại Hải Phòng và TP. Hồ Chí Minh, 02 đơn vị hạch toán phụ thuộc và 12 đơn vị là các công ty con và công ty liên kết của Vinalines. Toàn Tổng công ty hiện đang sở hữu và khai thác đội tàu gồm 143 chiếc với khoảng 3 triệu tấn trọng tải, chiếm 45% tổng trọng tải của đội tàu biển quốc gia và đạt năng lực vận tải chiếm 60% cả nước. Thực hiện định hướng đầu tư theo hướng trẻ hóa, chuyên môn hóa, tăng trọng tải bình quân đội tàu, đội tàu của Tổng công ty Hàng hải Việt Nam đã có nhiều thay đổi cả về số lượng, chất lượng và chủng loại tàu. Số tàu trọng tải nhỏ giảm rõ rệt, các tàu chở hàng tổng hợp cũng có chiều hướng giảm dần, nhường chỗ cho sự phát triển các tàu chuyên dụng, tàu container.

Với sự đầu tư tập trung, chất lượng dịch vụ của đội tàu Vinalines ngày càng được nâng cao. Đội tàu hàng khô của Vinalines đã tăng cường hoạt động trên các tuyến xa, cập các cảng có yêu cầu chặt chẽ về an ninh, an toàn kỹ thuật như các cảng của Châu Âu và Mỹ. Mở nhiều tuyến liner mới từ Việt Nam đến Hồng Kông, Singapore… Từng bước trực tiếp quản lý kỹ thuật đội tàu chở dầu sản phẩm, đáp ứng được các yêu cầu khắt khe về tiêu chuẩn kỹ thuật an toàn.

Theo kế hoạch phát triển 5 năm giai đoạn 2006-2010, định hướng đến 2020 đã được Thủ tướng Chính Phủ phê duyệt tại Quyết định số 1366/QĐ-TTg ngày 18/10/2006, mục tiêu đến năm 2010 Tổng công ty Hàng hải Việt Nam sẽ sở hữu đội tàu có trọng tải tối thiểu 2,6 triệu tấn. Tính đến thời điểm này, tổng trọng tải đội tàu của Tổng công ty đã vượt mục tiêu đề ra. Hiện nay do tình hình kinh tế thế giới suy thoái và sẽ phải mất một thời gian khá dài để sự phục hồi kinh tế toàn cầu tới mức an toàn nên Tổng công ty sẽ tiếp tục phát triển đội tàu biển theo hướng trẻ hóa, hiện đại hóa, cơ cấu đội tàu hợp lý đúng với định hướng giai đoạn 2010 – 2020 của Chính phủ.

Các giai đoạn đầu tư và phát triển đội tàu của Vinalines:

Giai đoạn 2006 – 2010:

Kế hoạch đầu tư phát triển đội tàu giai đoạn 2006 – 2010 tập trung vào các tàu có tính năng khai thác hiện đại, thỏa mãn lâu dài các yêu cầu của các công ước quốc tế, có cơ cấu phù hợp về độ tuổi và chủng loại nhằm đáp ứng đa dạng nhu cầu vận chuyển từ những mặt hàng có giá trị thấp, yêu cầu bảo quản không cao như than, xi măng, clinker, cát đến những mặt hàng có giá trị và yêu cầu bảo quản cao như dầu, gạo, hàng đóng trong container.

Kết hợp hài hòa giữa đóng mới để trẻ hóa và mua tàu đã sử dụng để bổ sung ngay năng lực vận chuyển; Tập trung đầu tư tăng tỷ lệ các loại tàu container, tàu chở dầu và tàu chở hàng rời cỡ lớn; Tiếp tục định hướng tăng trọng tải bình quân các tàu đầu tư theo xu hướng chung của thế giới; Căn cứ vào nhu cầu cụ thể của nền kinh tế để đầu tư các loại tàu chở hàng có bánh lăn, tàu chở ga, tàu hóa chất, tàu khách… Đáp ứng tốt nhu cầu và tăng thị phần vận chuyển hàng hóa xuất nhập khẩu của đất nước, giữ vững thị trường Đông Nam Á, Đông Bắc Á và Trung Đông truyền thống, đồng thời mở rộng thêm các tuyến vận tải containerr đi các nước trong khu vực Đông Nam Á, Đông Bắc Á và Ấn Độ, các tuyến vận tải xuất nhập khẩu dầu thô, dầu sản phẩm của đất nước.

Tổng trọng tải đội tàu của toàn Tổng công ty tính đến 31/12/2010 đạt gần 2,9 triệu tấn trọng tải, vượt 300 ngàn tấn so với mục tiêu 2,6 triệu tấn vào cuối năm 2010.

Giai đoạn 2001 – 2005:

Kế hoạch đầu tư phát triển đội tàu giai đoạn 2001 – 2005 được thực hiện đồng thời theo cả hai phương thức đóng mới và mua tàu đang khai thác.  Kết quả thực hiện qua 5 năm, Vinalines đã hoàn thành việc đóng mới đưa vào khai thác và mua tổng cộng 53 tàu với tổng trọng tải 618.000 DWT (trong đó tàu đóng mới là 10 tàu, với tổng trọng tải là 87.000 DWT và mua 43 tàu với tổng trọng tải 531.000 DWT).

Chương trình đóng mới 32 tàu biển trong nước được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định 1419/QĐ-TTg ngày 1/11/2001 có trọng tải là 403.260 DWT với tổng số vốn đầu tư 6.340 tỷ đồng, trong đó 4.236 tỷ đồng hỗ trợ vay vốn từ Quỹ Hỗ trợ phát triển. Đến hết năm 2005, Vinalines đã nhận 10 tàu, tổng trọng tải 87.000 DWT và đang tiếp tục thực hiện 22 tàu còn lại với tổng trọng tải 317.000 DWT.

Trong giai đoạn này, Vinalines cũng đã thực hiện kế hoạch đầu tư phát triển tàu thông qua hình thức mua tàu đang khai thác từ nước ngoài nhằm tăng ngay tấn trọng tải đội tàu, đồng thời đảm bảo cơ cấu, độ tuổi tàu hợp lý. Vinalines đã mua tổng cộng 43 tàu, tổng trọng tải 531.000 DWT, với tổng số vốn đầu tư tương đương 3.700 tỷ đồng. Tỷ lệ các tàu có trọng tải lớn tăng lên, năm 2001 trọng tải bình quân của các tàu mua là 8.873 DWT, đến năm 2005 là 27.659 DWT. Độ tuổi tàu mua ngày càng được trẻ hóa: năm 2001 là 17,7 tuổi, đến năm 2005 các tàu đều dưới 10 tuổi.

Tổng trọng tải đội tàu của toàn Tổng công ty tính đến cuối năm 2005 đạt 1,2 triệu DWT chiếm 42% tổng trọng tải của đội tàu biển quốc gia.

Giai đoạn 1996 – 2000:

Trong giai đoạn phát triển này, Vinalines đã vay vốn để đầu tư thêm 34 tàu tương đương 490.000 tấn trọng tải, trong đó chủ yếu là các tàu chuyên dùng như tàu chở dầu thô, tàu chở dầu, tàu chở hàng rời cỡ lớn, tàu container …, đồng thời đã kết hợp với Vinashin thực hiện việc đóng tàu 6.500 DWT đầu tiên của Việt Nam, tạo tiền đề cho ngành công nghiệp đóng tàu Việt Nam phát triển. Việc vay vốn thương mại của các ngân hàng trong nước và nước ngoài để đầu tư tàu không chỉ tăng năng lực vận tải của Vinalines lên hơn hai lần mà còn tạo sự thay đổi cơ bản về cơ cấu, chất lượng đội tàu, tạo thêm thị trường và trực tiếp tham gia chia sẻ thị trường khu vực. Chất lượng đội tàu được nâng cao, khách hàng nước ngoài đã sử dụng tới gần 70% năng lực của đội tàu (năm 2000 đội tàu này đã chở thuê 2,2 triệu tấn hàng giữa các cảng nước ngoài)

Tính đến năm 2000, tổng số tàu Tổng công ty bao gồm 79 chiếc (844.521 DWT), trong đó đội tàu container có 9 chiếc với tổng sức chở 6.102 TEU.